El domingo 13 de junio de 1999 se celebró la quinta convocatoria a elecciones autonómicas en Cantabria desde su constitución en Comunidad Autónoma.
El Partido Popular fue la fuerza política más votada, seguida por el PSOE. El tercer lugar lo ocupó el PRC. Ni la Unión para el Progreso de Cantabria (UPCA) ni Izquierda Unida, que habían contado con representación en la anterior legislatura, superaron el 5% de los votos, por lo que quedaron fuera del Parlamento.
El reparto de escaños fue el siguiente: Partido Popular, 19 -seis diputados más que en las anteriores elecciones-, PSOE catorce -cuatro más que en 1995- y PRC seis -igual resultado que cuatro años antes-.
El acuerdo entre el Partido Popular y el PRC permitió la elección de Rafael de la Sierra González, diputado regionalista, como Presidente del Parlamento de Cantabria, y de José Joaquín Martínez Sieso, número uno de la candidatura del PP, como Presidente del Gobierno de Cantabria.
